En 1993, elle a été chargée d’aider à moderniser les forces armées haïtiennes et de créer une nouvelle force de police. Toutefois, en raison du refus de coopérer des autorités militaires haïtiennes, la MINUHA n’a pas pu être complètement déployée à l’époque et s’acquitter de son mandat.
Après le rétablissement, en octobre 1994, du gouvernement constitutionnel d’Haïti grâce à l’intervention d’une force multinationale dirigée par les Etats Unis d’Amérique et autorisée par le Conseil de sécurité, son mandat a été révisé de façon que la Mission puisse aider le gouvernement démocratique d’Haïti à s’acquitter de ses responsabilités pour ce qui était :
de maintenir les conditions sûres et stables créées durant la phase multinationale et d’assurer la protection du personnel civil international et des installations essentielles,
de professionnaliser les forces armées haïtiennes et de créer une force de police séparée.
La MINUHA devait également aider les autorités constitutionnelles légitimes à créer les conditions qui leur permettent d’organiser des élections législatives libres et régulières, qu’elles convoqueraient.
Elle a assumé l’intégralité de ses fonctions à partir du 31 mars 1995. Malgré quelques difficultés d’ordre logistique, des élections législatives démocratiques ont pu avoir lieu pendant l’été 1995. Les élections présidentielles se sont déroulées sans entrave le 17 décembre 1995 et le transfert des pouvoirs au nouveau président a eu lieu le 7 février 1996. A la demande du Président d’Haïti, le mandat de la MINUHA a été prorogé jusqu’à la fin de juin 1996.

Le Quartier général de la mission se trouvait à Port-au-Prince. Les effectifs maximum étaient de : 6.065 militaires et personnels d’appui militaire et 487 agents de police civile (provenant de plus de 30 pays, dont la France), appuyés par du personnel civil international et local (30 juin 1995).
Un système de franchise militaire des Nations Unies fut mis en place. Le courrier recevait l’empreinte d’un cachet dateur de franchise avec mention « UNITED NATIONS-UNIES / UNMIH » et sigle de l’ONU. Certains pays possédaient leurs propres bureaux postaux militaires (Etat-Unis, Canada notamment). Le courrier était également parfois expédié via la poste civile haïtienne.

Cette mission sera suivie de la Mission d’appui des Nations Unies en Haïti (MANUH), de juillet 1996 à juin 1997, de la Mission de transition des Nations Unies (MITNUH), d’août à novembre 1997, et de la Mission de police civile des Nations Unies en Haïti (MIPONUH), depuis décembre 1997.