L’Organisation des Nations Unies (ONU) a confié à l’Organisation du Traité de l’Atlantique Nord (OTAN) la responsabilité de la conduite des opérations le 20 décembre 1995 : la Force de protection des Nations Unies (FORPRONU) cède la place à l’« Implementation Force » (Force de mise en oeuvre - IFOR).
L’IFOR a été mise en place pour une durée d’un an et agissait en Bosnie-Herzégovine sous le contrôle politique du Conseil de l’Atlantique Nord, dans le cadre de la résolution 1031 du Conseil de sécurité des Nations Unies.
Sa mission principale était de surveiller et aider à l’application de l’accord de paix par les parties en présence, de contrôler le marquage de la ligne de cessez-le-feu, de la ligne et de la zone de séparation conformément à la carte de l’accord, établir les liaisons nécessaires avec les autorités civiles et militaires locales et les organisations internationales.
L’IFOR devait également soutenir les déplacements des organisations humanitaires et internationales, observer et assurer la sécurité générale des mouvements de la population civile, des réfugiés et des personnes déplacées.
Afin de faciliter la mission de l’IFOR, l’Accord de Paris prévoyait une totale liberté de mouvement à la force de maintien de la paix à la fois sur la terre, sur mer et dans les airs, sur l’ensemble du territoire de la Bosnie-Herzégovine.
Le plan de paix était un plan OTAN dont la responsabilité a été confiée au Général américain JOULWAN Commandant suprême des forces alliées en Europe (Supreme Allied Commander Europe - SACEUR).
Sur le théâtre des opérations, l’Amiral américain SMITH Commandant les forces alliées en Europe du sud (Commander in Chief Allied Forces in Southern Europe - CINCSOUTH) exerçait la conduite des opérations. Il était secondé par le Général français JANVIER puis le Général français HEINRICH.

Il avait plusieurs unités OTAN subordonnées :
Force de frappe alliée pour l’Europe du Sud (Strike Forces in Southern Europe - STRIKEFOR SOUTH) comme force d’intervention,
Forces aériennes alliées pour l’Europe du Sud (Air Forces in Southern Europe - AIRSOUTH) pour les actions aériennes,
Forces navales alliées pour l’Europe du Sud (Navy in the Southern Europe - NAVSOUTH) pour les actions navales,
Forces alliées du Corps de réaction rapide (Allied Rapid Corps - ARRC) pour les actions terrestres. L’ARRC engageait 3 divisions multinationales (DMN) attribuées respectivement aux Etats-Unis (au nord, autour de Tuzla), à la Grande-Bretagne (à l’ouest, autour de Gorni-Vakuf) et à la France (au sud-est, sur l’axe Sarajevo-Mostar-Ploce).

Le 20 décembre 1996, la « Stabilization Force » (Force de stabilisation - SFOR) a pris le relais de l’IFOR pour un mandat initial de 18 mois.